I think you have hit the nail on the head. I was leafing through Gourgaud's "Mémoires pour servir l'histoire de France, sous Napoleon", when I came across this interesting explanation:

"La conduite de Bernadotte, à Iéna, a été telle, que l’empereur avait signé le décret pour le faire traduire à un conseil de guerre, et il eût été infailliblement condamné, tant l’indignation était générale dans l’armée ; il avait manqué faire perdre la bataille. C’est en considération de la princesse de Ponte-Corvo, qu’au moment de remettre le décret au prince de Neuchâtel, l’empereur le déchira."