You know more about court-martials than I do but my impression is that they work within clearly defined limits.

The inquiry that Napoleon ordered covered a wide range of allegations, the act of accusation concluding:
(these are from Titeux - epub format hence some typos)

"20° En conséquence, le général Pierre Dupont, âgé de quarante-sept ans. général de division, comte de l'Empire, grand aigle de la Légion d'honneur, est accusé d'avoir compromis la sûreté extérieure de l'Etat en signant une capitulation par laquelle il a livré à l'ennemi, non seulement sa propre division, ses canons, armes, munitions, mais encore les postes occupés par la division Vedel, ses canons, armes et munitions, et ouvert ainsi la province de la Manche et la route de Madrid, à l'armée du général Castaffos; crime prévu par l'article 77 du Code pénal. "

Effectively Napoleon was trying to get him convicted of treason but even his appointees wouldn't go that far

Moncey "Le Gal Dupont n'a pu vouloir trahir son prince et son pays, mais il est coupable d'avoir capitulé avec des rebelles; il devait plutôt périr avec honneur, lui et tout son monde; l'arrivée des divisions Vedel et Dufour l'aurait peut-être sauvé."

Clarke "Je ne crois pas que le général Dupont soit coupable de trahison dans le sens de l'article 77 du Code pénal, mais il est coupable d'avoir fait négocier et d'avoir signé la honteuse capitulation de Baylen ; et cet acte me met dans la pénible nécessité de demander que le Conseil d'Enquête propose à Sa Majesté de priver le général Dupont de sa confiance, de ses emplois et honneurs militaires, et que Sa Majesté l'éloigne à 20 lieues de sa capitale et du lieu où elle fera sa résidence."

Berthier "Dans mon opinion, le général Dupont est coupable de n'avoir pas stipulé par écrit la convention de cette suspension d'armes, pendant laquelle l'ennemi a manœuvré et pris tous ses avantages.
Il est coupable d'avoir capitulé, parce qu'un Corps d'armée ne doit jamais capituler en campagne. S'il se voit entouré de l'ennemi, son devoir est de brûler tousses équipages, de se serrer en masse et de se faire jour à la bayonnette, ou de mourir bonorablement. La Capitulation n'est admise que pour les places de guerre, quand la brèche est telle qu'on ne peut plus la défendre. Alors un petit nombre a arrêté un Corps d'armée, et le but a été atteint.
Le général Dupont est plus coupable encore d'avoir compris, dans sa Capitulation, la division du général Vedel qui était libre, victorieuse et complètement indépendante de la position de l'ennemi. Il a sacrif1é cette division pour obtenir des conditions plus avantageuses en Faveur de la division Barbon qui était avec lui et possédait de nombreux bagages. Dans cette position cependant, elle ne de\ait avoir cp1e des canons, des bayonnettes, des munitions et des vivres; tout autre objet rendait le général Dupont coupable.
Enûn, ce général a manqué à tous ses devoirs et a perdu l'honneur en signant une capitulation honteuse à laquelle il a ordonné au G"1 Vedel de souscrire; il devait sentir que le manque de commissaires anglais rendait illusoire l'article qui stipulait le retour en France."

They decided that the capitulation itself was, for a variety of reasons, criminal - I wonder if a court-martial could have decided that?

The only mention of the subsequent fate of the troops is in that last line - under the terms of the capitulation they should have been repatriated - Dupont is being blamed for not having got English agreement for this which seems unfair.

Susan

PS I like Berthier's comment:
"Mais notre objet dans ce Conseil d'Enquête n'est pas de donner notre avis sur les fautes relatives aux opérations militaires du général Dupont. Dans ma conscience, je n'en vois aucune qui soit criminelle. Eh? Messieurs, s'il est quelqu'un qui n'ait jamais commis de fautes à la guerre, celui-là n'a jamais commandé un Corps d'armée."